مولوی کوهی در تاریخ ۳۰ مهرماه ۱۴۰۲، پس از دیدار با مولوی عبدالحمید در سفر به زاهدان و هنگام بازگشت، توسط نیروهای امنیتی در ایست بازرسی خروجی شهر زاهدان بازداشت و به زندان وکیل‌آباد مشهد منتقل شده بود. وی هفته اول دی‌ماه ۱۴۰۲ توسط دادگاه ویژه روحانیت مشهد به پنج سال تبعید در شهرکرد واقع در استان چهارمحال و بختیاری محکوم شد.
پیش از ماه رمضان، دادگاه ویژه روحانیت مشهد با آزادی مولوی فضل‌الرحمن کوهی با قید وثیقه موافقت کرده بود، اما سایر نهادهای امنیتی با ایجاد موانع، روند آزادی او را به تأخیر انداختند. امروز پس از گذشت ۵۵۳ روز، این مرخصی با قید وثیقه محقق شد.
