جمعی از شاگردان آیت‌الله محمدرضا نکونام از مراجع تقلید نو اندیش دینی حوزه علمیه قم که اکنون در حبس و بازداشت ماموران امنیتی در زندان به سر می‌برد، از سیر پرونده سازی علیه این استاد حوزه علمیه قم پس از وفات امام خمینی خبر داده و گفته‌اند که اولین پرونده سازی علیه وی، در سال ۱۳۶۸ پس از وفات امام خمینی بوده است. این شاگردان هم‌چنین از دو مرحله پرونده سازی دیگر علیه آیت‌الله نکونام در سال‌های ۱۳۹۰ و ۱۳۹۳ خبر داده و گفته‌اند که «یکی از مسؤولین سابق و نیز تولیت کنونی یکی از بزرگترین مراکز معنوی کشور، معظم له را ٬بزرگترین خطر٬ معرفی کرده است.»
شاگردان آیت‌الله محمدرضا نکونام در بیانیه خود که آن را در اختیار «سحام» قرار داده‌اند، گفته‌اند که «عوامل دادگاه ویژه روحانیت و نیز مافیای حوزه و نظام باید پاسخ‌گوی به سکته انداختن حضرت استاد و نیز نه ماه بازداشت فرمایشی ایشان بوده و منتظر عقوبت الهی که سنگینی آن بر تمام زندگی‌شان سایه افکنده است، باشند.»
به گزارش «سحام»، متن بیانیه جمعی از شاگردان آیت‌الله محمدرضا نکونام و جمعی از طلاب حوزه علمیه قم به شرح زیر است:
باسمه تعالی
بنا به شواهد و اسناد موجود، مسلم است که مافیای حوزه و نظام، از جانب این استاد معظم همواره احساس خطر کرده است؛ چنان‌چه یکی از مسؤولین سابق و نیز تولیت کنونی یکی از بزرگترین مراکز معنوی کشور، معظم له را «بزرگترین خطر» معرفی کرده است؛ از این رو طراحان مافیای قدرت و ثروت در مراحل مختلفی پس از رحلت امام خمینی (ره) درصدد برخورد و تحت فشار قرار دادن ایشان برآمده‌اند. علاوه بر تهدید و تلاش برای حذف فیزیکی حضرت استاد، یکی از روش‌های به کار گرفته شده توسط جریان مذکور، پرونده سازی برای ایشان بوده است.
اولین پرونده سازی برای معظم له در سال ۶۸ و بعد از رحلت مرحوم امام، توسط دادگاه ویژۀ روحانیت به مرحله اجرا درآمد؛ زیرا عوامل اصلی و طراحان این سناریو به خاطر نقش موثر آیت‌الله العظمی نکونام در جریانات قبل و پس از پیروزی انقلاب اسلامی؛ مانند برخورد با بنی صدر و شیخ علی تهرانی در بحبوبه انقلابی نمایی این اشخاص، کینه و حسادت فراوانی نسبت به موقعیت معرفتی، علمی و انقلابی ایشان داشته‌اند.
همزمان با چاپ رساله‌های عربی ایشان (حقیقه الشریعه فی فقه العروه در دو جلد، تحریرالتحریر در سه جلد) و نیز مناسک حج وکتاب احکام پزشکی ایشان در سال ۸۶، هجمه‌ها از سوی مافیای حوزه نسبت به ایشان آغاز گشت و به بهانه چاپ کتاب «تحریف ناپذیری و حجیت قرآن کریم» ابتدا کتاب‌های «حقیقه الشریعه فی فقه العروه، تحریرالتحریر، مناسک حج، احکام پزشکی و نیز کتاب تحریف ناپذیری و حجیت قرآن کریم» جمع آوری شد و در مرحله دوم مجوز انتشارات و مؤسسه ظهور شفق، ناشر آثار معظم له، ابطال گردید.
کتاب‌های یاد شده فوق، همه دارای مجوز از اداره کل ارشاد اسلامی قم بود و طبق هماهنگی‌ها و درخواست وزارت بهداشت، قرار بود کتاب «احکام پزشکی» به عنوان متن درسی رشته‌های پزشکی دانشگاه‌ها انتخاب شود.
دومین پرونده سازی برای معظم له در سال ۹۰ و پس از چاپ رساله عملیه فارسی ایشان توسط وزارت اطلاعات و دادگاه ویژه روحانیت صورت گرفت؛ در محرم آن سال و بعد از چاپ رساله توضیح‌المسائل فارسی، دادگاه ویژه روحانیت، معظم له را به مدت یک هفته بازداشت نمود، حضرت استاد را از توزیع رساله عملیه منع و دفتر معظم له را تعطیل کرد. وزارت اطلاعات نیز، وزارت ارشاد را ملزم نمود که از اعطای مجوز به کتب فقهی ایشان خودداری کند.
لازم به ذکر است شمارگان کتب فقهی حضرت استاد که تماما فتوای صریح و به دور از هرگونه احتیاط در ساحت فتوا می باشد، بالغ بر ۲۰۰ عنوان است که با چاپ آن‌ها تحولی بنیادین در سیستم فقهی نظام اسلامی به وجود خواهد آمد.
سومین پرونده سازی برای معظم له در سال ۹۳ و در حال تثبیت مرجعیت ایشان، به اشاره آیت‌الله مکارم شیرازی، عاملیت دادگاه ویژه روحانیت و با بهانه «شاکی خصوصی» انجام شد. شاکی یا شاکیان خصوصی‌ای که نه حضرت استاد آن‌ها را می شناسد و نه شاگردان وی در طول این ۹ ماه، اثری از آنان یافته‌اند!
بزرگترین واکنش و بروز ترس درونی مافیای حوزه و نظام از حضرت استاد، در این سال خود را نشان داد؛ چرا که مرجعیت معظم له در بین طلاب و نیز مردم در داخل و خارج از کشور در حال تثبیت بود. مافیای زر و زور برای منافع خود، علی‌الخصوص در حوزه‌های علمیه، از جانب حضرت استاد احساس خطر نمود و ایشان را ابتدا بازداشت کرده و سپس شروع به پرونده سازی نمود.
با توجه به وقایع یاد شده، جمع‌آوری کتب فقهی معظم له، اظهارات بازجویان وزارت اطلاعات در سال ۹۰، که «مرجعیت برای ایشان خیلی زیاد است» و نیز اظهارات عوامل دادستانی ویژه‌ی قم که از «کمیسیون فرمایشی مرجعیت» و پرونده ساختگی و خیالی مفساد اخلاقی حضرت استاد سخن می‌گویند تا ثابت کنند ایشان «صائناً لنفسه» نیست؛ یعنی عدالت ندارد پس به درد مرجعیت شیعه نمی‌خورد! مشخص می‌شود دعوا بر سر مرجعیت ایشان است و نه چیزی دیگر.
این نوع رفتارهای ناجوانمردانه و «پرونده سازی‌های کثیف» است که دل هر انسان آزاده‌ای را به درد می آورد. در عجبیم از عده‌ای روحانی نمای حرّاف که چگونه خواهند توانست فردای قیامت جواب خداوند متعال را بدهند و چگونه در پیشگاه آقا امام صادق (ع) و آقا امام زمان (عج) سر، بلند خواهند کرد! جوانمرد آن است که با رقیب خود به مروّت رفتار کند، نه با پرونده سازی و به زندان افکندن استوانه‌ای که فخر انقلاب اسلامی و نیز حوزه‌های علمیه است؛ بزرگ مردی که در قرب حق تعالی و غربت خلق زندگی میکند و با دشمن خود نیز به فتوّت و مروّت رفتار می‌نماید.
ما شاگردان حضرت آیت‌الله العظمی نکونام مراتب اعتراض خود را به بازداشت و پرونده سازی ناجوانمردانه دادگاه ویژه روحانیت بر علیه استاد خود اعلام می‌داریم و این حرکت کاملا غیر شرعی و غیر قانونی را محکوم کرده و خواستار آزادی و رفع تمامی مانع تراشی‌ها و نیز محاکمه تمامی عوامل این حرکت شیطانی می باشیم.
عوامل دادگاه ویژه روحانیت و نیز مافیای حوزه و نظام باید پاسخ‌گوی به سکته انداختن حضرت استاد و نیز نه ماه بازداشت فرمایشی ایشان بوده و منتظر عقوبت الهی که سنگینی آن بر تمام زندگی‌شان سایه افکنده است، باشند.
وسیعلم الذین ظلموا أیّ منقلبٍ ینقلبون
شاگردان حضرت آیت‌الله العظمی نکونام
و جمعی از طلاب حوزه‌های علمیه
عید قربان سال ۱۴۳۶ قمری
