پس از نطق شدید‌الحن سیدعلی خامنه‌ای در ۲۷ مهر ۱۳۸۹ جفا بر نوکیشان مسیحی و یورش به کلیساهای خانگی به اوج خود رسید.
به گزارش «محبت‌نیوز» در ماه‌های گذشته بار دیگر بحث کلیساهای خانگی و لزوم برخورد با آن برای مقابله با گرایش جامعه ایرانی به مسیحیت تبشیری یا بشارتی بالاگرفت.
پس از آنکه «روبین کاراپطیان»، رئیس شورای خلیفه گری ارامنه تهران و شمال به شدت به «مسیحیت تبشیری» حمله کرد و گسترش سریع کلیساهای خانگی را یک معضل سیاسی و ابزار عوامل خارجی دانست، این بار نوبت امام جمعه قم و مدیر حوزه‌های علمیه بود که علیه کلیساهای خانگی شمشیر از رو بندد.
شیخ علیرضا اعرافی در نشستی که مدیران مدارس علمیه قم و اصفهان در آن حضور داشتند از «مسیحیت» به عنوان رقیب اسلام و حوزه‌های علمیه نام برد و تاکید کرد که مسیحیان بیش از هزار مرکز دانشگاهی در دنیا دارند و روزانه هزاران مقاله و نشریه عرضه می‌کنند و صدها شبکه رادیویی و ماهواره‌ای دارند.
مدیر حوزه های علمیه فقط به رسانه‌ها و دانشگاه‌های مسیحی اکتفاء نکرد و هشدار داد در ایران کلیساهای خانگی در تهران و کرج کم نیست و در کشورهای گوناگون از جمله اندونزی، افغانستان هم فعالیت دارند.
گرچه طبق اصل ۲۳ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران «تفتیش عقاید ممنوع است و هیچ‌کس را نمی‌توان به صرف داشتن عقیده‌ای مورد تعرض و مؤاخذه قرار داد» اما از سال ۸۹ با روی کار آمدن دولت دوم محمود احمدی‌نژاد فشار بر نوکیشان مسیحی افزایش یافت.
اما افزایش فشار بر اقلیت‌های دینی به خصوص مسیحیان و بهائیان پس از نطق شدید‌الحن سیدعلی خامنه‌ای در ۲۷ مهر ۱۳۸۹ به اوج خود رسید. آن زمان که ایران همچنان درگیر بحران‌های انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ بود خامنه‌ای در قم ضمن اعلام آن که «فتنه سال ۸۸ کشور را در برابر میکروبهای سیاسی و اجتماعی واکسینه کرد»، گفت «دشمنان اسلام» قصد دارند که دین را در جامعه ایران تضعیف کنند و برای این کار، از جمله به «اشاعه بی بند و باری و اباحی گری، ترویج عرفان های کاذب، ترویج بهائیت و گسترش کلیساهای خانگی» می پردازند.
چند ماه بعد از او محمد تقی مصباح یزدی، از «ترویج مسیحیت» در برخی استانها انتقاد کرد و گفت: «در راستای مبارزه با مسیحیتی که در بعضی استانها رواج پیدا می‌کند کارهایی انجام گرفته و هزینه‌هایی هم صرف شده است اما بازدهی ندارد به این دلیل که برنامه و نظارتی نیست.»
آیت الله وحید خراسانی، از مراجع بلندپایه شیعه نیز با هشدار دادن در مورد افزایش گرایش جوانان به مسیحیت آن را ناشی از سوء مدیریت حکومت دانسته بود.
این مرجع تقلید گفت: «مردم دارند مسیحی می شوند اینها دنبال ریاست خودشان هستند…یکی نیست به این دستگاه بگوید این همه تبلیغات مسیحیت ضال و مضل حتی در قم به چه معناست؟….اینها را دارند به خورد این امت می دهند و درقبال اسلام، این دستگاه با این بساط اگر یک جایی یک کلمه بویی برای تزلزل مقام من باشد همه آنجا حاضر می شوند، اما دین و ایمان از مغز این جوان ها برده می شود همه در خفقان و خوابیده اند».
او افزود: «دنبال مقام و مالند دم از اسلام می زنند، بساط تبلیغ مسیحیت باید از این مملکت برچیده شود والا آبرو برای … نخواهم گذاشت.»
