شاگردان آیت‌الله محمدرضا نکونام از اساتید برجسته حوزه علمیه قم، در نامه‌ای با عنوان «متن شکوائیه شاگردان آیت‌الله نکونام خطاب به امام زمان(عج)» از مظالم وارده بر خود و استادشان در «حکومت مدعی ولایت‌مداری و مسلمانی» شکایت کرده‌اند. این شاگردان پس از نامه مورخ ۱۸ مردادماه خود خطاب به رهبر جمهوری اسلامی و عدم دریافت پاسخ نامه، اقدام به نگارش این عریضه کرده‌اند.
شاگردان آیت‌الله محمدرضا نکونام از اساتید برجسته حوزه علمیه قم در نامه خود خطاب به رهبر جمهوری اسلامی، به صورت تفصیلی از برخوردهای غیر شرعی، غیرقانونی و غیراخلاقی صورت گرفته با آیت الله نکونام پرده برداشتند و به رفتارهای غیر انسانی با این روحانی بیمار در دادستانی و زندان نیز اشاراتی داشته‌اند.
نویسندگان نامه به رهبر جمهوری اسلامی، هم‌چنین به بازداشت، خلع لباس، تهمت‌های غیر اخلاقی و فشارهای امنیتی به شاگردان آیت‌الله نکونام و تهدید این استاد حوزه نیز اشاره کرده‌اند و برخوردهای غیر قضایی و دروغ‌گویی‌های مکرر مسئولان را یادآور شدند.
متن نامه جمعی از شاگردان آیت‌الله نکونام و شکایت آنان به محضر حضرت ولیعصر(عج) که نسخه‌ای از آن در اختیار «سحام» قرار گرفته، به شرح زیر است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جز آستان توام در جهان پناهی نیست
سر مرا به‌جز این در حواله گاهی نیست
محضر قطب عالم وجود، حضرت بقیه الله الاعظم آقا امام زمان(ارواحنا له الفداء)
سلام الله الکامل التام الشامل علیک و علی آبائک الطاهرین المعصومین
آقای ما!
چه بگوییم و چگونه بگوییم از آن‌چه که خود، به آن علم و احاطه کامل دارید! تنها بنابراین قاعده که «تا نگرید طفل کی جوشد لبن؟» حال پریشان خود را به آن محضر قدسی و ربوبی عرضه داشته و شکواییه خود را از جمعی مردمان که لباس مقدس جدتان(صلی‌الله علیه و آله و سلم) را به تن کرده، در مسند خطیر قضا و دادستانی روحانیت نشسته‌اند و با ابزار تهمت، افترا، تهدید، اجبار و پرونده سازی عزم خود را بر تخریب چهره عالمی ربانی جزم کرده‌اند، به تنها امید مظلومان و مستضعفان و آخرین ذخیره الهی معروض می‌داریم.
مولای ما!
اکنون که جهت احقاق حق عارفی محقق، فیلسوفی مدقق و مجتهدی پارسا از بندگان خدا ناامید شده و به وادی «یأس عن الناس» غلطیده‌ایم، امید وافر داریم که مقام دستگیری شما خاندان عصمت و طهارت کارگشای‌مان شده و وسیله‌ای فراهم آید تا حق تعالی بلای خانمان‌سوز تحجر و تکفیر را در حوزه‌های علمیه ریشه بسوزاند و اسباب نجات آیت‌الله نکونام از بند و گرفتاری مهیا گردد.
جمعی از طلاب و روحانیون حوزه علمیه قم و شاگردان آیت‌الله نکونام
۹۴/۵/۲۴
یادآور می‌شود، آیت‌الله نکونام که در دوران شاهنشاهی نیز سابقه بازداشت توسط ساواک را دارد، در محضر چهره‌های سرشناس فقه و حکمت شیعی و بزرگانی هم‌چون علامه شعرانی، مرحوم الهی قمشه‌ای، سیداحمد خوانساری، علامه طباطبایی و علامه رفیعی قزوینی را درک کرده و از شاگردان میرزا هاشمی آملی(پدرلاریجانی‌ها)، شیخ محمدباقر کمره‌ای، مرتضی حائری، آیت‌الله گلپایگانی و آیت‌الله اراکی بوده است. وی بیش از ۱۵۰ کتاب در زمینه فقه و اصول، فلسفه و حکمت، عرفان و معرفت دینی، تفسیر و قرآن‌پژوهی، و نیز شعر و ادبیات و موسیقی و مسائل اجتماعی و سیاسی منتشر کرده یا در دست تدوین و انتشار دارد.
این استاد حوزه علمیه قم که از منتقدان جریان تحجر در حوزه به شمار می‌رود، چندی قبل به شدت از کسانی که به خاطر آشنا نبودن با ابرازهای جدید می‌گویند اینترنت و فیسبوک حرام است، انتقاد کرده و گفته بود: من به طلبه‌هایم گفتم بر شما واجب است که فرش زیرپای‌تان را بفروشید و بروید لپ تاپ یا تبلت بخرید. گفتم اگر نتوانید برای یک میلیارد حرف بزنید مفت نمی‌ارزید. مسلمان کسی است که متمدن باشد متدین باشد، نه این‌که خرفت باشد.
او تنها چند روز پس از انتشار سخنان منتسب به آیت‌الله مکارم شیرازی علیه اینترنت پرسرعت، از پایین بودن سرعت اینترنت در کشور انتقاد کرد و گفت: ما با این‌که این همه حلق اینترنت را فشار داده‌ایم و سرعت اینترنت‌مان در حد گاری است، بچه‌های مدرسه نرفته‌ی ما همه با اینترنت و کامپیوتر کار می‌کنند. من می‌گویم ما به جای حلزون شدن، سوار این قطار جهانی شویم. اینترنت یک قدرت است. خر مفت است، بپرید روی آن و بروید. بلد نیستید سوار شوید، بروید دنبال کارتان. اما این آقا نمی‌تواند از این سیستم، از این اینترنت، از این فیسبوک استفاده کند؛ می‌گوید همه‌اش حرام است.
نکونام در نیمه دی‌ماه گذشته بدون اعلام هیچ دلیلی توسط ماموران دستگیر و زندانی شد ولی در پی وخامت حالش از زندان آزاد و مستقیما به بیمارستان منتقل شد و مجددا در تاریخ ۳۱ فروردین‌ماه سال جاری، پس از انتشار مطلبی در روزنامه قانون در حالی‌که وضعیت جسمانی مناسبی نداشت، توسط ماموران امنیتی دستگیر و روانه زندان شد.
