دادسرای ویژه روحانیت ضمن رد گزارش ها درباره دخالت مراجع تقلید در پرونده محمدرضا نکونام اعلام کرد که این روحانی به پنج سال زندان، شلاق و خلع لباس روحانیت محکوم شده است.
به گزارش تارنگار حقوق بشر در ایران، دادگاه ویژه روحانیت با اشاره به «اتهامات متعدد وارده» علیه آقای نکونام آمده است: «به دلیل لزوم صیانت از مقام مقدم روحانیت و حفظ آبروی ایشان از بیان جزئیات آن [اتهامات] معذوریم». دادگاه ویژه روحانیت هم در اطلاعیه خود آورده است که در جریان رسیدگی به پرونده آقای نکونام، هیچ یک از مراجع تقلید شیعه یا چهره‌های حوزه علمیه قم نقشی نداشته‌اند.
آقای نکونام در سال ۱۳۹۳ بازداشت و پس از مدتی آزاد شد. برخی از نزدیکان او علت بازداشتش را انتقاد از فتوای آیت‌الله ناصر مکارم شیرازی درباره حرام بودن اینترنت پر سرعت می‌دانند.
پیش از این آقای مکارم شیرازی از دلیل بازداشت آقای نکونام اظهار بی‌اطلاعی و ارتباط آن با انتقاد از فتوای حرام بودن اینترنت پر سرعت را رد کرده بود.
محمدرضا نکونام کمی پس از آزادی از بازداشت، مجددا در بهار ۱۳۹۴ بازداشت و پس از چند ماه آزاد شد. او چند روز قبل از بازداشت در مصاحبه‌ای با یکی از روزنامه‌ای ایران از سخت‌گیری‌های حکومت ایران درباره پوشش اسلامی زنان انتقاد کرده بود.
او سرانجام به ۵ سال حبس محکوم شد و از تابستان ۱۳۹۵ در حبس است.
آقای نکونام ده ها کتاب در زمینه موضوعات دینی نوشته و برخی از رسانه های رسمی نیز در سالهای گذشته این کتابها را تبلیغ و او را آیت الله خطاب کرده اند.
وی همچنین سال ۹۴ و در هنگام مرخصی از زندان در مصاحبه ای با روزنامه قانون از «امر به معروف و نهی از منکر دولتی» انتقاد کرده و گفته بود:«جامعه‌ای که خشونت دارد نمی‌تواند امر به معروف داشته باشد. این کسی که اسید می‌پاشد خشن‌ترین آدم است.. اسیدپاش قهرا از مصادیق مفسد فی الارض است. او در جامعه نمی‌تواند آمر به معروف و ناهی از منکر باشد، چون او خشونت ورز است و مهرورزی ندارد».
هرچند آقای نکونام در سخنان خود به صورت مستقیم به موضوع اسیدپاشی به زنان در اصفهان اشاره ای نکرده بود اما برخی وب سایت ها مطرح شدن این موضوع در کنار عبارت«امر به معروف و نهی از منکر»را به معنای مرتبط دانسته شدن این دو موضوع از سوی این روحانی دانسته بودند.
